Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
U središtu priče nalazi se odnos oca i sina, koji se proteže kroz virtualni i realni svijet: Sama Flynna (Garrett Hedlund), buntovnog 27-godišnjaka, progoni misteriozni nestanak njegovog oca Kevina Flynna (Oscarom i Grammyjem nagrađeni Jeff Bridges), nekoć najpoznatijeg istraživača...
Haker Kevin Flynn mladi je računalni programer ENVOM korporacije. On pokušava probiti računalni sustav tvrtke kako bi došao do podataka o računalnim igrama koje su trvtku lansirale na tron industrije. Kevin zna da je njegov šef ukrao software njegovih igara no želi to i dokazati. Uz pomoć...
Zamamna ljubavna priča koja prati Grega. Nakon što se nedavno razveo, a potom zapustio, upoznaje misterioznu Isabel. Ženu koja živi na ulicama uvjerena da je zagađeni, slomljeni svijet oko njih zapravo računalna simulacija.
Na trinaestom katu nebodera vizionari Douglas Hall (Craig Bierko) i Hannon Fuller (Armin Mueller-Stahl) najnovijom virtualnom tehnologijom na kompjuterskom su čipu stvorili Los Angeles, godine 1937. Fuller otkriva nešto iznimno važno, ali kada primijeti da je u opasnosti, u paralelnom svijetu...
FBI ima program obuke agenata u jedinici Mindhunters kako bi ih naučio kako pratiti serijske ubojice. Grupa agenata uskoro će završiti teški tečaj poduke. Ostao im je još samo jedan posljednji dokaz: provesti vikend na udaljenom otoku rješavajući fiktivni zločin, ali ono što nitko od njih...