Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
Kad motociklist kaskader ponudi svoju dušu Mefistofelesu kako bi spasio živote onih koje najviše voli, prisiljen je biti domaćin moćnom natprirodnom biću čije lice, koje izgleda kao lubanja u plamenu, ulijeva strah u kosti njegovim neprijateljima. Ova cjelovečernja filmska inačica nastala...
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati...
