Kornjače se vraćaju u borbu protiv zlikovaca sa svojim novim saveznikom Caseyjem Jonesom. Braća kreću u lov na odbjeglog superzlikovca Shreddera, ali u tom procesu nailaze na još veću prijetnju: Kranga.
U gradu u kojem su ljudi sa supermoćima izopćeni jedan marljivi radnik pomisli da svoje zabranjene sposobnosti iskoristi da zaradi novac i tako spasi bolesnu majku.
U svijetu u kojem ljude sa supermoćima pod kontrolom drže roboti bivši zločinac udruži se s narkobosom kojega prezire da zaštiti tinejdžericu od korumpiranog policajca.
